Первая жена актёра ушла из жизни, когда их общему наследнику был всего годик. Через некоторое время Хабенский женился во второй раз на Ольге Литвиновой.
Со второй женой у артиста двое совместных детей — Александра и Вера. Сына Ивана Константин не показывает общественности, однако недавно Леонид Агутин поймал в кадре звёздного отца со старшим наследником. Он поделился снимком с юбилея Хабенского, где присутствовал и Ваня. Молодой человек заметно подрос и внешне стал похож на родителей.
Известно, что несколько лет Хабенский-младший жил вместе с бабушкой, Инной Смирновой, за границей, и недавно вернулся в Москву. Сейчас он живёт вместе с ней в отдельном жилище.
Иван собирается продолжить актёрскую династию, посещая театральные секции. Константин очень любит наследника и поддерживает его во всех начинаниях.