Вместе со своей супругой Натальей Шкулёвой телеведущий воспитывает сына Александра, которому в этом году исполняется пять лет. Имея большой опыт в освещении подробностей личной жизни других звёзд, свою журналист охраняет очень тщательно.
До сих пор в Сети нет ни одного снимка с сыном Андрея и Натальи, хотя звёздный отец нередко выходит с ним на мероприятия. Недавно тележурналист вместе с Александром посетили представление «Синяя синяя птица» в Театре Наций. Об этом Малахов сам сообщил поклонникам в соцсетях. Как и прежде, шоумен не стал публиковать фотографию своего сына, но заверил, что они оба были приятно впечатлены постановкой.
Даже учитывая плотный график съёмок, телеведущий старается как можно больше времени проводить вместе со своими близкими. На выходных он специально встаёт пораньше, чтобы позавтракать с Сашей и отвезти его на плавание.