Спортсменка воспитывает двоих детей. В 2005 году у нее родился первенец, мальчик Святослав. Спустя 14 лет она стала матерью во второй раз, родился мальчик Иван.
Светлана заверила, что обе беременности протекали одинаково, несмотря на разницу во времени. Она назвала второе материнство счастьем и очень рада, что ей довелось снова его испытать.
«У меня две олимпийские медали, а теперь еще и два олимпийских ребенка <…> Я рада, что так получилось», — призналась Хоркина.
Она заметила, что во времена Советского Союза её назвали бы старородящей. Узнав о беременности, она не колебалась и решила рожать, так как ей знакомы истории, когда женщины не могут завести ребёнка и познать материнство.
Первого ребёнка Светлана родила от мужа актрисы Веры Глаголевой, Кирилла Шубского, роман с которым она долго и тщательно скрывала. Отцом второго ребёнка стал Олег Кочнов.